一般社団法人　日本船長協会は、わが国における航洋船舶の船長、航洋船の船長の経歴を有する者又はこれに相当する海技免状（特に一級海技士免状には拘らない）を有する者を正会員として組織されている唯一の船長の団体であります。 当協会は昭和25年11月4日、神戸において、次の綱領を掲げて当初は任意法人として発足しました。

綱　領
1．われわれは、船舶における最高責任者としての船長の立場と、与えられた権限および課せられた義務を明確に自覚し、確固たる信念をもってその責務を完遂するため、不断に学術技術の研鑽錬磨につとめるとともに、自らの文化的教養を高めつつ自己の完成を期する。

2．われわれは友愛と信義をむねとし、常に広い視野と能動的な態度をもって、海上文化の興隆指導に当たるとともに、自らの社会的地位の向上確立を期する。

3．われわれは、真の海洋精神と正しい世界観に立脚し、国際海運に連なる民主的な日本海運の復興を図るとともに、進んで世界平和に貢献することを期する。

従来、船長の労使関係における地位につきましては、労使間で長年争われたところでありますが、当協会は発足以来、「船長は一船の最高責任者として、船主の利益を代表する権限を有し、労組法第2条第1号に該当するので全員非組合員とすべきである。」という主張を貫いてまいりました。
しかるところ昭和40年11月8日、本問題に関する船員中央労働委員会の仲裁裁定が出されるに至り、

（1）総トン数3,000トン以上の船舶、
（2）乗組員が30名以上の船舶、
（3）主として、遠洋又は近海2区、3区の海域に就航する船舶

の船長及び前項以外の船長のうち、役員に準ずる船長又は人事関係又は労使関係についての権限を有する船長はすべて非組合員とすることになりました。このため、航洋船の船長は、ほとんどすべて非組合員として当協会に加入することになったのであります。当協会の会員は平成24年8月現在、正会員534名、航海士会員511名、賛助会員397名、特別賛助会員652名、終身賛助会員52名 、計2,146名となり、わが国における大型船舶の船長を網羅しております。当協会は船長としての立場と船長の権限、義務を明確に自覚し、常に広い視野に立って自らの完成に努め、“船長”という職務を通じて海運・海事の発展に寄与することをモットーとして各方面にわたる事業を活発に推進しております。